Первые признаки заселения Японского архипелага появились около 40 тысячелетия до н. э. с началом японского палеолита, который продолжался по 12 тысячелетие до н. э.[прим 3] Население древней Японии занималось охотой и собирательством, изготавливало первые каменные орудия труда грубой обработки. В этом периоде отсутствуют керамические изделия, поэтому период также носит название периода докерамической культуры[11]. С 12 000 года до н. э. начинается период дзёмон, который согласно археологической периодизации истории стран Запада соответствует мезолиту и неолиту. Особенностями этого периода стали формирование Японского архипелага и начало использования его жителями керамических изделий.

В периоде яёй, который начался около 500 года до н. э.[12], на Японском архипелаге появились поливное рисосеяние, гончарный круг и ткацкий станок, обработка металлов (меди, бронзы и железа) и строительство защитных городищ[13]. Эти новшества были занесены в Японию иммигрантами из Китая и Кореи.
Японцы впервые упоминаются в одной из китайских исторических хроник — Ханьшу. Более подробно земля Ва, как китайцы называли Японский архипелаг, описывается в китайской «Истории трёх царств»[14]. Согласно ей наиболее могущественным княжеством в третьем веке было княжество Яматай, которым руководила правительница Химико.
В 250 году яёй сменился периодом Кофун, во время которого получила распространение культура курганов, а в районе Ямато появилось одноимённое японское государство.
Кофун плавно перешёл в 538 году в период Асука. Его особенностями стали распространение буддизма, пришедшего в Японию из корейского государства Пэкче[15] (с которым в этот период у Японии активно развивались торговые, культурные и политические связи, заключались военные союзы против других корейских государств), развитие централизованного государства китайского образца, создание первого свода законов «рицурё» и расцвет японской культуры под влиянием материковых философских и культурных идей.

В восьмом веке в периоде Нара появляется сильное централизованное японское государство, сосредоточенное в императорской столице Хэйдзё-кё на территории современной Нары. Помимо ускоренной китаизации японского общества этот период характеризуется созданием первых исторических хроник и расцвет культуры. В 712 году завершена Кодзики, а в 720 году — Нихон сёки[16].
В 784 году Император Камму передвинул столицу из Нары в Нагаока-кё, но уже в 794 году она была перенесена в Хэйан-кё (современный Киото)[17]. Так начался период Хэйан, во время которого появилась и расцвела японская национальная культура. Изобретение слоговой азбуки — каны — позволило писать на японском языке вместо китайского. Написанная каной поэтическая антология «Кокинвакасю» стала первой из имперских антологий, установившей образцы, которым поэзия танка следовала вплоть до XIX века. Такие памятники хэйанской прозы, как «Повесть о Гэндзи» или «Записки у изголовья», до сих пор многими как в самой Японии, так и вне ее, почитаются вершинами японской литературы.

Японский феодализм характеризуется появлением правящего класса воинов, «ведомства самураев»[18]. В 1192 году Минамото-но Ёритомо, победивший в 1185 году соперничавший с ним род Тайра, был назначен сёгуном, что ознаменовало начало периода Камакура. С его смертью в 1199 году фактическая власть перешла к роду Ходзё, регентам его сына. Сёгунат Камакура успешно отразил монгольские вторжения в 1274 и 1281 годах, укрепив позицию бакуфу. Официальной религией сёгуната стал дзэн. После победы над монголами японские воины начали междоусобные войны, что быстро привело к упадку режима Камакура. В 1318 году на трон взошёл император Го Дайго и к 1333 году при поддержке главнокомандующего, бакуфу Асикаги Такаудзи, смог вернуть себе власть, но уже в 1336 году не поделивший власть с сыном императора Асикага Такаудзи возвёл на трон в Киото императора Кёмиё, и в 1338 году получил от него титул сёгуна. В Японии оказалось два императора и два сёгуна, ожесточённо сражавшиеся вплоть до 1392 года. Сёгунат Асикага не смог контролировать крупных феодалов-даймё, поэтому в 1467 году вспыхнула гражданская война, ставшая началом длительного периода смутного времени — период Сэнгоку[19].
В 1543 году Японию впервые достигли голландские торговцы и иезуитские миссионеры, положив начало коммерческому и культурному взаимодействию между Японией и странами Запада. С помощью европейских технологий и огнестрельного оружия Ода Нобунага победил большинство остальных даймё и почти сумел объединить страну, но был убит в 1582 году. Его наследником стал Тоётоми Хидэёси, завершивший объединение страны в 1590 году. Хидэёси дважды захватывал Корею, но после ряда поражений, нанесённых японцам корейскими и китайскими войсками, и его смерти японские войска отступили из Кореи в 1598 году[20].
После смерти Хидэёси Токугава Иэясу использовал своё положение регента при Тоётоми Хидэёри для получения политического влияния и военной поддержки. В битве при Сэкигахара он победил роды соперников и в 1603 году был назначен сёгуном. Иэясу основал сёгунат Токугава и перенёс столицу в Эдо (современный Токио)[21]. В 1639 году сёгунат начал внешнюю политику самоизоляции Японии, которая продолжалась два с половиной века, впоследствии называемых периодом Эдо. Тем не менее изучение свода европейских научных знаний — рангаку — продолжалось, преимущественно через голландскую торговую факторию на насыпном островке Дэдзима в гавани Нагасаки. В этот же период появилось национальное культурное движение кокугаку, изучение Японии самими японцами[22].
В 1854 году американский коммодор Мэттью Перри, прибывший на Чёрных кораблях, вынудил Японию прекратить политику изоляции[23]. В период Бакумацу Япония подписала несколько неравноправных договоров с западными державами, что привело её к экономическому и политическому кризису. В 1868 году началась гражданская война Босин, результатом которой в 1869 году стали упразднение сёгуната и создание централизованного государства под управлением императора — реставрация Мэйдзи. Взяв за основу западные политическую, судебную и военные системы, Кабинет министров Японии создал Тайный совет, подготовил к принятию Конституцию Мэйдзи и собрал парламент. Реставрация Мэйдзи превратила Японскую империю в индустриальную мировую державу. После победы в японо-китайской (1894—1895) и русско-японской (1904—1905) войнах Япония обеспечила себе господство на Японском и Жёлтом морях и присоединила к себе Корею, Тайвань и южный Сахалин.

В начале XX века непродолжительный демократический период Тайсё сменился ростом милитаризма и экспансионизма. Япония приняла участие в Первой мировой войне на стороне Антанты, расширив своё политическое влияние и территорию. В 1931 году, продолжая свою политику экспансионизма, Япония заняла Маньчжурию и создала марионеточное государство Маньчжоу-Го. После доклада Литтона в 1933 году Лига Наций осудила её действия и Япония демонстративно покинула Лигу[24]. В 1936 году Япония подписала Антикоминтерновский пакт с нацистской Германией, а в 1941 году присоединилась к странам «Оси»[25]. Тогда же Япония подписала Пакт о нейтралитете между СССР и Японией, обязавшись уважать территориальную целостность и неприкосновенность Монгольской народной республики и Маньчжоу-Го.
В 1937 году Япония вторгается и в другие части Китая, начиная вторую японо-китайскую войну (1937—1945), после чего США накладывают на неё нефтяное эмбарго[26]. 7 декабря 1941 года Япония напала на Пёрл-Харбор и объявила войну США и Великобритании. Это приводит к участию США во Второй мировой войне. Японская империя завоевала Гонконг, Филиппины и Маллакку, но в 1942 году поражение в Коралловом море лишило её преимущества на море[27]. После атомных бомбардировок Хиросимы и Нагасаки 6 и 9 августа 1945 года авиацией США, а также после присоединения СССР к военным действиями против Японии, Япония подписала 2 сентября 1945 года Акт о безоговорочной капитуляции[28].
В 1947 году Япония приняла новую пацифистскую конституцию, в которой делается акцент на либеральную демократию. Оккупация Японии союзными войсками закончилась с принятием Сан-Францисского мирного договора, который вступил в силу в 1952 году[29], а в 1956 году Япония вступила в ООН. Позже Япония добилась рекордного экономического роста, который продолжался четыре десятилетия и составлял в среднем 10 % ежегодно. В 1991 году экономический рост сменился кризисом, из которого страна сумела выбраться только в 2000 году